很多人都認為履約保證金和履約保函兩者之間是一個概念，其實是不一樣的。履約保證金由承包方或供貨方直接支付給業(yè)主方，可用保兌支票、銀行匯票或現金，履約保證金不得超過合同總金額的10%。而履約保函是指應承包方或供貨方（申請人）的請求，銀行金融機構向業(yè)主方（受益人）做出的一種履約保證承諾。如果承包方或供貨方在整個合同期內未能按時、按質、按量完成其所承建的工程，銀行則向業(yè)主方支付一筆約占合同總金額5%--10%的款項。所以顧名思義，這兩者從概念上是存在很大卻別的。
除了概念這塊的區(qū)別，這兩者還有以下區(qū)別。
第一，履約保證金一般是承包方或供貨方直接向業(yè)主方支付合同約定數額的現金，到了合同約定的時間之后，承包方或供貨方需要找業(yè)主方追款。而在實際業(yè)務中，會存在各種原因，追款可能不會很順利，反而造成了承包方或供貨方的被動。
第二，履約保函的辦理手續(xù)相對比較繁瑣，而且銀行會依據保函金額和保函期限收取相應的手續(xù)費用，這對于承包方或者供貨方來說無疑增加了資金成本。但履約保函中會根據合同條款或雙方約定以及銀行的要求，明確保函有效期限（具體至某一天），到了這一天，這筆錢就從銀行自動解凍，并不需要業(yè)買方的同意與否。
第三，履約保函一方面盤活資金，有利于減輕承包方或供貨方的資金壓力，另一方面履約保函代替履約保證金，有利于規(guī)范經濟活動資金流轉秩序，加強經濟活動信用程度，提升工程建設單位及供貨方單位的整體形象。
